Haruhi a décidé de traîner Kyon jusqu'à l'appartement de Ryoko Asakura, disparue dans d'étranges circonstances. Et l'interrogatoire du concierge ne fait qu'épaissir le mystère. Sur le chemin du retour, Haruhi se livre au jeune homme, lui expliquant son mal-être et la raison pour laquelle elle recherche des mystères autant que possible. En rentrant chez lui, Kyon tombe sur Itsuki, qui l'attendait. Le moment est venu de lui montrer l'étendue de ses pouvoirs...
