Après avoir redonné de l'énergie aux Tortues du présent, les Tortues du passé n'ont que 3 heures pour retourner à leur époque, sinon elles cesseront toutes d'exister. Pendant les 15 heures qu'il a fallu pour redonner de l'énergie aux Tortues, le reste de la flotte d'invasion de Dregg a été achevé et s'est déchaîné sur la ville. Les Tortues et Carter doivent maintenant arrêter Dregg, Krang et Shredder.
