Angus MacGyver (Richard Dean Anderson) a leleményes titkos ügynök egy újabb ügyben kezd nyomozást a Los Angeles-i Phoenix Foundationnél. MacGyver korábbi kollégájával, az egyetemi professzorral, Atticus-szal (Brian Blessed), valamint a tudós Kelly Carsonnal (Sophie Ward) szövetkezik, hogy Atlantishoz az elveszett városhoz kapcsolódó értékeket kutassanak fel.
